Аниме рассказывает историю девушки по имени Ноль Два, чье имя является не просто идентификатором, а частью загадочной системы нумерации, распространенной среди ее окружения. В начале сюжета героиня страдает от провалов в памяти, причина которых остается неизвестной. Единственное, что она ясно помнит – это свое заключение. Все события, предшествовавшие тюремному заточению, стерты из ее сознания. Лишь изредка в памяти Ноль Два всплывают обрывки воспоминаний о женщине, заменившей ей мать. Эта загадочная фигура сыграла ключевую роль в формировании личности главной героини.

Однажды в памяти девушки возникает образ книги с иллюстрациями, которую принесла ее "мама". Само содержание книги не вызвало у Ноль Два интереса, но картинки оставили глубокий след. Позже выясняется, что несколько лет назад над героиней проводились странные эксперименты в месте под названием "Сад" – секретной лаборатории. Именно там она встретила мальчика по имени Хиро, носившего номер Ноль Шестнадцать. Вместе они предприняли попытку побега, но были схвачены почти сразу. В этот момент Хиро пообещал жениться на Ноль Два, однако после поимки их воспоминания были полностью стерты.

Несмотря на потерю памяти, в определенный момент Ноль Два начинает вспоминать чувства к тому, кто был ей дорог. Охваченная желанием найти его, она отправляется на поиски, не подозревая, какие испытания ждут ее на этом пути. Ее путешествие превращается не только в попытку восстановить утраченные воспоминания, но и в борьбу за собственную идентичность в мире, где даже имена являются частью чужого эксперимента. Постепенно раскрываются тайны "Сада" и истинная природа отношений между Ноль Два и Хиро.