События второго сезона аниме «Юки Юна – герой» разворачиваются после завершения первой части, где главные героини одержали победу над Вертексами. Юна [結城 友奈] полностью выздоровела, а к клубу героев присоединилась Соноко Ноги, которая также восстановилась после тяжелых испытаний. Вместе девушки продолжают свою внеклассную деятельность, но вскоре сталкиваются с загадочным исчезновением Мимори [東郷 美森 / 鷲尾 須美]. Все воспоминания о ней стерты, будто её никогда не существовало.

Соноко решает взять инициативу в свои руки и забирает у Тайшо телефоны с обновленной системой героев. Вместе с остальными участницами клуба она отправляется за стену, где, согласно данным радара, была замечена таинственная девушка. Их ждет опасное путешествие, полное неожиданных встреч и испытаний, ведь никто не знает, что скрывается за границей привычного мира. Постепенно героини начинают раскрывать правду о забытой подруге и причинах её исчезновения.

Второй сезон углубляется в тайны вселенной «Юки Юны», раскрывая новые грани характеров главных героинь. Зрителей ждут эмоциональные моменты, напряженные битвы и неожиданные повороты сюжета. Девушкам предстоит не только спасти Мимори, но и разобраться в собственных чувствах, а также понять истинную цену силы, которую они получили. История балансирует между драмой, мистикой и экшеном, сохраняя фирменный стиль франшизы.