Аниме рассказывает историю девушки по имени Ноль Два, чье имя скрывает гораздо больше, чем кажется на первый взгляд. Оно является частью загадочной нумерации, объединяющей ее с другими персонажами. В начале сюжета героиня страдает от провалов в памяти, не понимая, как оказалась в заточении. Единственное, что ей удается вспомнить – это образ женщины, заменившей ей мать. Эта таинственная фигура сыграла ключевую роль в формировании личности Ноль Два, подарив ей книгу с иллюстрациями, которые произвели на девушку неизгладимое впечатление.

Постепенно к героине возвращаются обрывки воспоминаний о странных экспериментах, проводившихся над ней в месте под названием «Сад». Именно там она встретила мальчика с номером Ноль Шестнадцать – Хиро. Вместе они предпринимают отчаянную попытку побега, но их быстро ловят. В последние мгновения перед задержанием Хиро дает Ноль Два трогательное обещание жениться на ней. Однако после поимки обоим стирают память, разлучая на долгие годы. Но спустя время девушка начинает вспоминать чувства, которые испытывала к тому самому мальчику.

Теперь Ноль Два одержима одной целью – найти Хиро, несмотря на все преграды. Ее путь полон загадок, опасностей и неожиданных открытий о собственном прошлом. По мере развития сюжета зрители узнают правду о «Саде», экспериментах и истинной природе нумерованных детей. Аниме сочетает в себе элементы научной фантастики, драмы и романтики, раскрывая глубокую историю о связи между двумя людьми, которую не смогли уничтожить даже самые жестокие методы.