История аниме вращается вокруг загадочной девушки по имени Ноль Два, чье имя скрывает гораздо больше, чем кажется на первый взгляд. Она – одна из многих, кто носит подобный код вместо обычного имени. В начале сюжета героиня страдает от провалов в памяти, не понимая, как оказалась в заточении. Единственное, что ей удается вспомнить – это образ женщины, заменившей ей мать. Эта таинственная фигура сыграла ключевую роль в формировании личности Ноль Два, подарив ей книгу с иллюстрациями, которая хоть и не заинтересовала девушку содержанием, но оставила след в ее памяти.

Постепенно к героине возвращаются обрывочные воспоминания о странных экспериментах, проводившихся над ней в месте под названием «Сад» – секретной лаборатории с мрачной репутацией. Именно там она встречает мальчика по имени Хиро, известного под номером Ноль Шестнадцать. Вместе они решаются на побег, но их планы рушатся почти сразу. В последний момент перед тем, как их память стирают, Хиро обещает жениться на Ноль Два, однако после процедуры оба забывают друг друга. Лишь спустя время девушка начинает вспоминать того, кто когда-то был ей дорог, и решает во что бы то ни стало его найти.

Сюжет аниме балансирует между мрачной атмосферой научных экспериментов и трогательной историей о потерянной связи. Ноль Два предстоит не только разгадать тайну своего прошлого, но и понять, что значит быть человеком в мире, где людей превращают в номера. Ее поиски приводят к неожиданным открытиям, а встреча с Хиро может изменить все. Но сможет ли она восстановить утраченные воспоминания или прошлое навсегда останется для нее загадкой?