Юкито Урабэ – невезучий парень, которому не повезло с родителями. Его отец – фанатичный лидер культа, одержимый идеей принести сына в жертву своему божеству. После нескольких неудачных попыток отцу всё же удаётся убить Юкито, но вместо ожидаемого конца юноша оказывается в странном мире. Здесь нет ни религии, ни веры, ни даже понятия смерти – казалось бы, идеальное место для того, кто устал от религиозного фанатизма. Однако радость Юкито длится недолго: вскоре он снова оказывается на плахе, и на этот раз его спасает та самая богиня, которой поклонялся его отец.

Митама – могущественное божество, но в этом мире её сила бесполезна, ведь здесь никто не верит в богов. Юкито, объявленный государственным преступником, вынужден стать её единственным последователем. Вместе им предстоит не только выжить в мире, где религия считается преступлением, но и изменить сам миропорядок. Юноше придётся возродить культ, который когда-то его погубил, и убедить людей в существовании богов. Но как заставить поверить тех, кто даже не знает, что такое вера? Впереди – долгий и опасный путь, где каждое слово может стать последним.

«Выживание с вредной богиней» – это история о том, как из жертвы стать проповедником, а из изгоя – лидером. Юкито и Митама – странная парочка: один – бывший атеист, разочаровавшийся в религии, другая – богиня, лишённая силы из-за отсутствия веры. Их союз полон противоречий, но только вместе они смогут бросить вызов системе. Им предстоит не просто выживать, а менять основы мира, где религия – это ересь, а вера – преступление. Смогут ли они зажечь искру веры в сердцах людей или их ждёт новая гибель – на этот раз окончательная?