Юный Тэцуро Хосино вынужден скитаться по улицам после трагической гибели матери, убитой жестоким графом Меха. Его единственная мечта — заполучить механическое тело, чтобы отомстить за смерть самого близкого человека. Для этого ему необходимо раздобыть билет на легендарный «Галактический экспресс 999», который доставит его на планету, где такие тела раздают бесплатно. Однако судьба преподносит неожиданный поворот — во время неудачной попытки украсть заветный билет его спасает загадочная Мэйтел, предлагая свою помощь в обмен на совместное путешествие.

Так начинается эпическое космическое приключение, в котором Тэцуро и Мэйтел отправляются в путь на борту футуристического поезда. Их ждут встречи с невероятными мирами, опасные испытания и тайны, скрытые среди звёзд. Но сможет ли мальчик, познав всю горечь потери, исполнить свою кровавую месть? И какие истинные мотивы движут Мэйтел, так легко предложившей ему билет в новую жизнь? Чем дальше они продвигаются, тем больше вопросов возникает у Тэцуро.

Путешествие на «Галактическом экспрессе» становится для Тэцуро не просто погоней за местью, а настоящим испытанием его убеждений. Встречи с разными людьми и цивилизациями заставляют его задуматься: действительно ли механическое тело — это то, чего он хочет? Сможет ли он сохранить свою человечность, став частью машины? А главное — что скрывает Мэйтел, и какую роль она играет в его судьбе? Ответы на эти вопросы изменят его жизнь навсегда.