Хадзимэ Амамори — обычный школьник, чья жизнь круто меняется после трагической гибели родителей. В результате неудачного научного эксперимента он остаётся сиротой и переезжает к дяде, работающему в обсерватории. Именно от него парень узнаёт шокирующую правду: 9 сентября 1999 года в 9:09:09 Земля столкнётся с загадочной планетой Ла-Метал, что приведёт к глобальной катастрофе. Но это лишь начало его испытаний — вскоре за ним начинается охота таинственных сил.

Столкнувшись с угрозой апокалипсиса, Хадзимэ оказывается втянут в опасную игру, где правда скрыта за слоями лжи. Кто эти люди, преследующие его? Какая связь между его семьёй и надвигающейся гибелью мира? По мере поисков ответов он обнаруживает, что его родители знали больше, чем казалось, а их смерть могла быть не случайностью. Теперь ему предстоит разгадать тайну, способную спасти человечество — или ускорить его конец.

Судьба сталкивает героя с неожиданными союзниками и смертельными врагами, заставляя его пересмотреть всё, во что он верил. Чем ближе роковая дата, тем яснее становится: чтобы выжить, ему придётся бросить вызов не только таинственной организации, но и самой реальности. "1999: Конец света" — это история о выборе, жертвах и борьбе за будущее, где каждый шаг может изменить ход истории.