В конце второго тысячелетия человечество столкнулось с угрозой полного уничтожения. Причиной стал приближающийся космический объект – загадочная планета Ла-Метал, населенная могущественной цивилизацией. Каждые тысячу лет ее орбита проходит опасно близко к Земле, вызывая катастрофические катаклизмы. Но в 1999 году ситуация становится критической – планеты могут столкнуться, а жители Ла-Метала давно вынашивают планы захвата нашей планеты.

Профессор Амамори, работающий в обсерватории, первым обнаруживает приближающуюся угрозу. Он делится своими опасениями с помощницей Яёй Юкино, не подозревая, что она – таинственная Королева Тысячелетия Ла Андромеда Прометия II. Посланная с Ла-Метала тысячу лет назад, она должна была наблюдать за человечеством и подготовить планету к захвату. Однако, прожив среди людей столько времени, Яёй проникается симпатией к землянам и решает встать на их защиту.

Теперь Яёй предстоит нелегкий выбор – выполнить свою миссию или попытаться предотвратить неминуемую катастрофу. Она использует свои знания и силы, чтобы противостоять собственному народу и спасти Землю от уничтожения. В этой борьбе ей придется столкнуться не только с угрозой из космоса, но и с собственным прошлым, ведь новая Королева Тысячелетия уже приближается, чтобы сменить ее и завершить начатое.