В далёком будущем человечество оказалось под гнётом могущественной инопланетной империи [[Иллюмидус]], поработившей Землю и её обитателей. Лишь единицы осмеливаются сопротивляться захватчикам, среди них — легендарный капитан Харлок [キャプテン・ハーロック], управляющий космическим крейсером «Призрачная смерть». Однако даже он терпит поражение в неравном бою с оккупантами и вынужден совершить аварийную посадку на одной из захваченных врагом баз.

На секретной базе Иллюмидуса Харлок встречает талантливого инженера Тотиро Ояму [大山トチロー], который демонстрирует ему невероятное творение — линкор «Аркадия», созданный по древним технологиям предков. Это имя неслучайно: оно отсылает к легендарной родине клана благородных пиратов-рыцарей, к которому принадлежит сам Харлок. Теперь у капитана появляется шанс продолжить борьбу с новым мощным кораблём.

Харлок, последний наследник славного рода космических рыцарей, вновь поднимает знамя сопротивления. На борту «Аркадии» он начинает эпическое путешествие, чтобы освободить Землю и всё человечество от тирании Иллюмидуса. Его путь полон опасностей, но капитан не отступит — ведь на кону судьба всего рода людского.