Действие разворачивается в конце XXI века, где главные события происходят среди бескрайних просторов космоса. Центральное место занимает экипаж звездолёта «Аркадия», который бороздит галактику под легендарным флагом «Весёлого Роджера» — символом свободы и непокорности.

Несмотря на обилие планет, лишь Земля остаётся единственным пригодным для жизни миром. Эта планета становится яблоком раздора: её жаждут захватить не только инопланетные захватчики, но и сами люди. Именно поэтому многие мечтают поднять пиратский флаг, но цена такой свободы высока — изгнание и вечное скитание среди звёзд.

Главный герой — Харлок, наследник дела своего отца, ставший капитаном космических пиратов. Вместе с верной подругой Мимэ и не самой умелой командой он исследует глубины Вселенной, но в душе остаётся одиноким странником, ведь вся его жизнь прошла на борту корабля. Ему не раз доводилось видеть, как пираты сражаются с загадочными пришельцами из дальних уголков космоса. Но главная битва ещё впереди — война с могущественным богом Вотаном, повелителем космических чудовищ, начатая его отцом и продолженная им самим.