После долгих лет скитаний по космосу в одиночестве, легендарный капитан Харлок [キャプテン・ハーロック] вынужден вновь собрать свою команду. Мир, который он когда-то защитил, снова оказался под угрозой. На этот раз враг куда страшнее прежних – древняя раса «ну», пробуждённая археологом Дайбой [台羽博士]. Эти существа, существовавшие задолго до человечества, жаждут вернуть Вселенную в состояние первобытного хаоса, используя страх как оружие.

Пять лет спустя после роковой экспедиции профессора Дайбы, угроза становится реальной. Капитан Харлок воссоединяется со своей верной командой: бесстрашной Кэй Юки [有紀 蛍], гениальным доктором Зеро [ドクター・ゼロ] и преданным Яттараном [ヤッタラン]. К ним присоединяется Тадаси Дайба [台場 正], сын профессора, который надеется искупить ошибку отца. Вместе они поднимают флаг «Аркадии» и отправляются в опасное путешествие, чтобы остановить надвигающуюся тьму.

Битва за судьбу Земли разгорается с новой силой. Харлок и его команда сталкиваются с невиданными ранее испытаниями, ведь «ну» – это не просто враги, а воплощение древнего ужаса. Но даже перед лицом такого противника космические пираты не отступят. Их мужество, дружба и непоколебимая воля станут последним щитом, защищающим человечество от возвращения в эпоху тьмы и страха.