17-летний Шиничи Кудо — гениальный подросток, которого друзья прозвали "современным Шерлоком Холмсом". Его аналитический ум и наблюдательность вызывают восхищение, но однажды судьба преподносит ему жестокий урок. Во время свидания с девушкой он случайно становится свидетелем преступления мафиозного клана. Преступники замечают парня, хватают его и насильно заставляют проглотить загадочную таблетку. После этого Шиничи теряет сознание, а очнувшись, с ужасом обнаруживает, что его тело уменьшилось до размеров 7-летнего ребенка.

Теперь, скрываясь от преследования мафии, Шиничи вынужден притворяться маленьким мальчиком. Он обращается за помощью к своей подруге детства Ран Мори и селится в её доме. Отец Ран, бывший полицейский, а ныне частный детектив, даже не подозревает, что перед ним не обычный ребенок, а гений-подросток. Используя свой незаурядный интеллект, Шиничи начинает помогать в расследованиях, выдавая себя за "маленького помощника". Однако его главная цель — найти способ вернуть прежнее тело и раскрыть тайну зловещей организации, превратившей его в ребенка.

Несмотря на юный внешний вид, Шиничи продолжает раскрывать самые сложные преступления, маскируя свои способности под детскую наивность. Он берет себе псевдоним "Конан Эдогава" и вместе с Ран и её отцом погружается в мир загадочных убийств и опасных преступных схем. Каждое расследование приближает его к разгадке тайны таинственной пилюли, но и делает его мишенью для мафии. Теперь Конану предстоит не только бороться с преступностью, но и скрывать свою истинную личность, балансируя между жизнью ребенка и разумом взрослого детектива.