Два года прошло с момента завершения кровопролитной войны между Альянсом Земли (EAF) и Координаторами. Хотя формальный мир был установлен, напряжённость между сторонами никуда не исчезла. Ни земляне, ни генетически модифицированные люди не могли смириться с текущим положением дел. В этой хрупкой атмосфере недоверия зреет новый заговор, способный вновь погрузить мир в хаос войны.

Группа радикально настроенных Координаторов решает спровоцировать глобальный конфликт, направив колонию Юниус 7 на столкновение с Землёй. Их цель — стереть с лица планеты большую часть населения. Однако силы ZAFT успевают разрушить колонию до катастрофы, но её обломки всё равно наносят Земле колоссальные разрушения. Этот инцидент становится искрой, разжигающей новую войну, ещё более жестокую, чем прежде.

Главные герои, мечтавшие о мирной жизни, вновь вынуждены взяться за оружие. Им предстоит не только сражаться на поле боя, но и искать способ остановить бессмысленное кровопролитие. В их руках — судьба мира, который они так отчаянно пытаются спасти. Но смогут ли они изменить ход событий или станут лишь пешками в чужой игре?