Судьбоносная встреча с преступным миром перевернула жизнь семнадцатилетнего гения-детектива Синъити Кудо. Во время обычной прогулки с подругой Ран он невольно стал свидетелем зловещего преступления, за что поплатился необычным образом — таинственные злоумышленники заставили его принять экспериментальный яд. Вместо мгновенной смерти юноша пережил невероятную метаморфозу: его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Этот неожиданный поворот судьбы поставил под угрозу не только его детективную карьеру, но и саму жизнь.

Обратившись к своему старшему другу, гениальному изобретателю доктору Агасе, Синъити узнал шокирующую правду. Единственный шанс вернуть прежний облик — найти антидот, который хранится в секретных лабораториях могущественной преступной организации "Черный синдикат". Понимая, что в детском теле он уязвим и не может открыто противостоять врагам, молодой детектив принимает смелое решение. Под новым именем — Конан Эдогава — он начинает двойную жизнь, скрываясь под маской обычного школьника.

Новая реальность приводит Конана в дом отца Ран — частного детектива Когоро Мори, чьи сыщицкие способности оставляют желать лучшего. Используя острый ум и наблюдательность, юный гений начинает тайно помогать неопытному сыщику раскрывать сложнейшие дела. Каждое расследование становится для Конана не только возможностью вершить правосудие, но и шагом к разгадке тайны "Черного синдиката" — организации, превратившей его жизнь в опасную игру с непредсказуемыми последствиями.