В глубинах океана скрывается угроза, созданная гениальным, но безумным учёным Юнгом Зорндайком. Его эксперименты привели к появлению новых существ, которые начали безжалостно атаковать человечество. Зорндайк убеждён, что эра людей подошла к концу, и теперь настало время для новой формы жизни. Однако люди не собираются сдаваться без боя. В ответ на эту опасность создаётся специальное подразделение — Синий флот, последний оплот защиты цивилизации.

Среди кораблей этого флота особое место занимает Синяя субмарина №6 — уникальное судно, оснащённое передовыми технологиями. Её экипажу предстоит столкнуться с чудовищами Зорндайка в смертельных схватках под толщей воды. Каждая битва становится испытанием не только для техники, но и для духа моряков. В этом противостоянии решается судьба всего человечества, и цена ошибки — гибель миллионов. Но даже перед лицом невероятной опасности люди не теряют надежды.

Аниме "Синяя субмарина №6" — это захватывающая история борьбы за выживание, где стирается грань между наукой и безумием. Философские вопросы о природе человечества и его месте в мире переплетаются с динамичными подводными боями. Зрителей ждёт не только зрелищный экшен, но и глубокий сюжет, заставляющий задуматься о будущем. Сможет ли человечество доказать, что достойно жить на этой планете, или его ждёт участь, предсказанная Зорндайком?