После долгих лет кровопролитных сражений война между людьми и разумными машинами – механоидами – наконец завершилась. Хотя механоиды практически захватили контроль над Землёй и космосом, обе стороны были вынуждены заключить хрупкое перемирие. Среди тех, кто пережил эту войну, был адмирал Зеро [ウォーリアス・ゼロ], некогда командовавший флотом человечества, а теперь ставший простым капитаном буксирного судна. Несмотря на потерю семьи и былой славы, он продолжает защищать родную планету, пусть и в новом качестве.

Во время очередного задания корабль Зеро подвергается нападению загадочного пиратского судна, известного как «Тень смерти». В неравном бою он терпит поражение, но вскоре получает неожиданный приказ – возглавить операцию по поимке легендарного капитана Харлока [キャプテン・ハーロック], который и оказался тем самым неуловимым пиратом. Теперь, под флагом Независимого Флота, Зеро вновь поднимается на борт своего старого линкора «Кария», чтобы отправиться в опасное путешествие по просторам Галактики.

Его команда – странный симбиоз людей и механоидов, бывших врагов, вынужденных работать вместе. Их цель – выследить Харлока, чьи действия угрожают хрупкому миру во Вселенной. Но чем дальше продвигается Зеро, тем больше он узнаёт о таинственном пирате и его истинных мотивах. Впереди его ждёт не просто охота, а столкновение с глубокими тайнами, которые могут изменить судьбу всего человечества.