Хибики Амава – молодой и амбициозный выпускник педагогического колледжа, мечтающий стать учителем физкультуры. Однако его планы рушатся, когда он сталкивается с жесткой директрисой школы, которая категорически отказывается брать на работу мужчин. Оказавшись в безвыходной ситуации – без денег и с угрозой выселения – Хибики решается на отчаянный шаг. С помощью грима, изменения голоса и поддержки своей квартирной хозяйки он превращается в очаровательную девушку, чтобы получить заветную должность.

Теперь, под видом молодой учительницы, Хибики предстоит не только вести уроки, но и скрывать свою истинную личность. Особую сложность представляет Кудзуха Фуко – проблемная ученица, которая проявляет к "новой преподавательнице" повышенный интерес. Хибики приходится балансировать между желанием быть хорошим педагогом и необходимостью избегать подозрений. Атмосфера в школе накаляется, когда ученики обоего пола начинают за ним ухаживать, что грозит разоблачением.

Комедийная и романтическая составляющая аниме раскрываются через нелепые и забавные ситуации, в которые попадает главный герой. Его попытки сохранить тайну, справиться с учениками и противостоять строгой директрисе создают динамичный и увлекательный сюжет. "Хибики: Под маской учительницы" – это история о преодолении стереотипов, дружбе и любви, где каждый день – новое испытание для героя, вынужденного жить двойной жизнью.