В 2012 году мир Японии перевернулся с появлением загадочных существ — Мю. Эти человекоподобные создания с голубой кровью пришли из параллельного измерения, нарушив привычный ход жизни. К 2015 году их вторжение достигло пика: Токио оказался под атакой, но неожиданно на защиту встали гигантские биомеханические существа — долемы. Именно в этот хаос попадает обычный школьник Аято Камина, чья судьба в один миг переплетается с таинственной одноклассницей Рэйку Мисимой.

В тот же день на Аято нападают агенты правительства, но его спасает женщина по имени Харука Сито. Она раскрывает шокирующую правду: Токио заперт в временной аномалии, где время течёт втрое медленнее, чем в остальном мире. Скрываясь от преследователей, Аято оказывается в поезде, где вновь сталкивается с Рэйку. Вместе они попадают в таинственный Зал Ра, где обнаруживают гигантское яйцо, из которого вылупляется долем Ра-Зефон — ключ к спасению или гибели.

Неожиданно на сцене появляется мать Аято, стоящая на вершине долема. В разгар битвы она получает ранение, и Аято с ужасом замечает её голубую кровь — признак принадлежности к Мю. Осознав, что его реальность — лишь иллюзия, он бежит вместе с Харукой, оставляя позади разрушенный город и вопросы без ответов. Теперь ему предстоит раскрыть тайны своего происхождения и решить, на чьей стороне он действительно находится.