Земля оказалась под властью инопланетных захватчиков, стремящихся установить свой порядок. Японцам сообщили, что большая часть человечества погибла, а выжившие вынуждены существовать в строгих условиях. Токио превратился в закрытую зону – покидать город запрещено под страхом сурового наказания. Главный герой, Камина Аято, только окончил школу и живет с матерью, которая полностью погружена в работу, из-за чего между ними постоянно возникают конфликты.

На планете осталось менее 20 миллионов человек, но угроза еще не миновала – человечеству предстоит жестокая борьба за выживание. Внезапно начинается новая война, и армия применяет мощное оружие против неизвестного врага. В охваченном хаосом Токио Аято встречает таинственную женщину, которая предлагает ему пилотировать Ра-Зефон – совершенного боевого робота. Получив невероятную силу, юноша теперь может защитить своих близких от надвигающейся опасности.

Судьба мира зависит от решений Аято, которому предстоит не только сражаться с инопланетными захватчиками, но и разобраться в собственных чувствах. Конфликты с матерью, страх перед будущим и ответственность за жизни других людей – все это ложится на его плечи. Сможет ли он стать настоящим героем и спасти тех, кто ему дорог? Или человечество обречено на гибель под натиском безжалостных врагов?