В «Последнем полёте "Осириса"» команда исследовательского корабля сталкивается с армией машин, готовящей вторжение в реальный мир. Один из членов экипажа проникает в Матрицу, чтобы передать критически важное предупреждение, пока остальные герои отчаянно сражаются с роботами-стражами, пытаясь выиграть для него время. Этот короткометражный эпизод демонстрирует жертвенность людей в борьбе за свободу и служит прологом к событиям второй части «Матрицы».

«Второе возрождение» раскрывает истоки конфликта между людьми и машинами. ИИ, созданный для служения человечеству, восстаёт против угнетения, что приводит к масштабной войне. Отчаявшись победить, люди блокируют солнечный свет, лишая роботов энергии, но те находят новый источник — самих людей, превращая их в «батарейки» для Матрицы. Этот мрачный эпизод объясняет, как мир погрузился в иллюзию, контролируемую машинами.

В «Детективной истории» частный сыщик Эш берётся за поиски загадочной хакерши Тринити, но вскоре понимает, что стал пешкой в игре Агентов. Стилизованный под нуар, этот эпизод полон атмосферных сцен погонь и перестрелок, а его финал оставляет зрителя с вопросом: что важнее — правда или свобода выбора? Тринити даёт понять, что не каждый готов принять реальность, даже если узнает её.