На борту современного военного корабля "Эгида", принадлежащего силам самообороны Японии, происходит загадочное убийство. Обнаружено тело военнослужащего с отсутствующей левой рукой, а разведка получает тревожные сведения о проникновении на судно опасного шпиона под кодовым именем "X". Этот таинственный диверсант представляет угрозу не только экипажу, но и национальной безопасности всей страны. Однако преступник даже не подозревает, что его планам может помешать юный, но невероятно проницательный детектив.

Конан Эдогава, несмотря на свой юный возраст, уже зарекомендовал себя как гениальный сыщик, способный раскрывать самые запутанные преступления. Оказавшись на борту "Эгиды", он сразу берется за расследование, понимая, что каждая минута на счету. С помощью своей наблюдательности и дедуктивного метода Конан постепенно раскрывает хитроумный заговор, в котором замешаны высокопоставленные лица. Но сможет ли он вовремя остановить шпиона, прежде чем тот нанесет непоправимый урон?

Фильм сочетает в себе напряженный детективный сюжет с элементами политического триллера, где на кону стоят человеческие жизни и безопасность государства. Конану предстоит не только разоблачить преступника, но и защитить своих друзей, оказавшихся в эпицентре опасных событий. Динамичные погони, неожиданные повороты и фирменная интеллектуальная дуэль между детективом и шпионом делают этот фильм захватывающим от начала до конца. Сможет ли Конан предотвратить катастрофу или "X" окажется на шаг впереди?