Рокуро Окадзима — заурядный офисный работник, затерянный в серой массе токийских корпоративных служащих. Его жизнь состоит из бесконечных отчетов, унижений со стороны начальства и обязательных алкогольных вечеров с клиентами. Всё меняется, когда его отправляют с ответственным заданием — доставить секретный диск в филиал компании на Борнео. Казалось бы, простая командировка оборачивается кошмаром, когда судно захватывают пираты, работающие на русскую мафию. В одно мгновение Рокуро теряет ценный груз и оказывается в плену у морских разбойников.

На борту пиратского корабля «Лагуна» Рокуро понимает, что стал разменной монетой в опасной игре. Но настоящий удар ждёт его позже — корпорация, решив замести следы, объявляет его погибшим и нанимает наёмников для ликвидации всех свидетелей. Волею судьбы именно Рокуро помогает пиратам выжить в этой переделке. Так начинается его новая жизнь — жизнь вне офисных стен, полная опасностей, приключений и неожиданных поворотов. Бывший клерк становится частью экипажа, который теперь для него — единственная семья.

«Чёрная Лагуна» — это история о том, как обычный человек оказывается в мире, где правят жестокость, деньги и беззаконие. Рокуро, некогда боявшийся даже повысить голос на начальника, теперь вынужден сражаться за свою жизнь среди наёмников, мафиози и таких же отчаянных, как он. Но в этом хаосе он находит нечто большее — свободу, которой у него никогда не было. Аниме мастерски сочетает динамичные перестрелки, циничный юмор и глубокие размышления о природе человека, заставляя зрителя задуматься: что важнее — безопасность или настоящая жизнь?