В мире далёкого будущего карточные дуэли превратились в нечто большее, чем просто игра — они стали частью повседневной жизни. Главный герой, Юма Цукумо, мечтает покорить вершины турниров по «Дуэльным монстрам», но пока остаётся неопытным новичком. Всё меняется, когда он решает бросить вызов местному чемпиону Рёге Камисиро. Во время их поединка рядом с Юмой появляется таинственный дух Астрал, лишённый воспоминаний. Он раскрывает герою, что его прошлое разделено на 99 уникальных карт — «Номера».

Теперь перед Юмой стоит двойная задача: не только доказать своё мастерство в карточных дуэлях, но и помочь Астралу восстановить утраченные воспоминания. Вместе они отправляются в захватывающее путешествие, где каждое сражение приближает их к разгадке тайны. Однако за могущественными «Номерами» охотятся не только они — другие дуэлянты готовы на всё, чтобы завладеть этими картами. Юме предстоит не только научиться стратегии, но и раскрыть истинную силу дружбы и решимости.

Сюжет аниме сочетает динамичные дуэли с глубокой историей, раскрывающей прошлое Астрала и его связь с миром «Дуэльных монстров». По мере продвижения героев зритель узнаёт новые детали о загадочных «Номерах» и тех, кто стремится ими завладеть. Юма растёт как дуэлянт, а его команда пополняется новыми союзниками, каждый из которых вносит свой вклад в общую цель. Но чем ближе они к разгадке, тем опаснее становятся их противники, и теперь ставки выше, чем когда-либо.