После ухода из 501-го секретного отдела Мотоко Кусанаги оказывается под началом Дайсукэ Арамаки. Её ждёт новое задание, связанное с масштабным взломом искусственного интеллекта Логикомы. Бато берёт на себя инициативу по сбору команды для расследования, привлекая бывшего разведчика Исикаву и эксперта по взрывчатым веществам Бому. Вместе им предстоит раскрыть сложный киберпреступный заговор, угрожающий безопасности города.

Кусанаги решает усилить группу, пригласив в команду снайпера Сайто и тайного агента Падзу. Каждый из них обладает уникальными навыками, которые могут стать решающими в этом деле. Девятый отдел снова в деле, и на этот раз им придётся столкнуться не только с цифровыми угрозами, но и с реальной опасностью, скрывающейся в тени мегаполиса. Операция обещает быть напряжённой и полной неожиданных поворотов.

Расследование приводит команду к новым загадкам, заставляя их действовать на грани возможного. Взаимодействие между персонажами, их прошлое и личные мотивы добавляют глубину сюжету. Старые связи и новые угрозы переплетаются, создавая динамичный и захватывающий сценарий. Девятый отдел снова доказывает, что даже в мире высоких технологий человеческий фактор остаётся ключевым элементом в борьбе за справедливость.