В недалёком 2029 году японский мегаполис Ниихама превратился в центр технологического прогресса, где кибернетические имплантаты стали обыденностью. Люди массово заменяют свои органы и конечности на механические аналоги, стирая грань между человеком и машиной. Однако стремительная цифровизация общества породила новые угрозы – киберпреступность, коррупцию и терроризм.

Для борьбы с этими вызовами создан 9-й отдел общественной безопасности. Возглавляемая майором Мотоко Кусанаги, команда элитных оперативников расследует дело таинственного хакера, известного как "Кукловод". Этот загадочный преступник обладает почти полностью механизированным телом и орудует, стирая память своих жертв.

В ходе расследования Мотоко сталкивается не только с техническими сложностями, но и с бюрократическим противодействием со стороны конкурирующего Отдела 6. Каждое новое дело заставляет её задуматься о природе человеческого сознания и границах между органическим и искусственным интеллектом. Чтобы докопаться до истины, ей предстоит вступить в опасную игру с самим Кукловодом, который, возможно, знает ответы на все её вопросы.