Кайто Куроба — обычный школьник, чья жизнь резко меняется после загадочной гибели отца. Он узнаёт, что его отец был легендарным "Вором-Фантомом" под кодовым номером 1412, а его убийцами стала таинственная организация, охотящаяся за мистическим камнем Пандоры, дарующим бессмертие. Поклявшись отомстить, Кайто решает продолжить дело отца, надев его маску и став новым Фантомом. Его цель — помешать злодеям завладеть камнем, но для этого ему предстоит разгадать множество загадок.

Каждую ночь Кайто превращается в неуловимого вора, крадущего драгоценности со всего мира. Он не знает, как выглядит Пандора, поэтому проверяет каждую ценную находку. Если камень не оказывается тем, что он ищет, он возвращает его на место при следующем полнолунии. Его действия привлекают внимание полиции, особенно инспектора Накамари, который когда-то преследовал его отца. Но Кайто не просто вор — он артист, превращающий каждое ограбление в захватывающее шоу, оставляя после себя лишь недоумение и восхищение.

Помимо борьбы с таинственной организацией, Кайто приходится балансировать между школьной жизнью и тайной деятельностью. Его лучшая подруга Аоко, дочь комиссара полиции, подозревает его, но не может доказать его причастность. Между ними разворачивается игра кошки и мышки, полная неожиданных поворотов. Сможет ли Кайто найти Пандору раньше врагов? Сможет ли он раскрыть все тайны, оставленные отцом? И главное — удастся ли ему остаться в тени, или однажды маска сорвётся?