Прошло три года с момента событий «[anime=1313]Приключений Дигимонов 02[/anime]», и жизнь главных героев изменилась. Теперь они сталкиваются с типичными подростковыми проблемами: сложностями в дружбе, первыми романтическими чувствами и давлением учёбы. Бывшие неразлучные друзья постепенно отдаляются друг от друга, каждый погружён в свои заботы. Однако судьба готовит им новое испытание — в самый обычный день, когда Таити [八神 太一] готовился к важному футбольному матчу, а Ямато [石田 ヤマト] репетировал с группой, в Японию прилетает Мими [太刀川 ミミ]. В этот же момент в городе появляется опасный Дигимон, атаковавший людей на глазах у Таити.

К счастью, на помощь приходит Агумон [アグモン], и вместе они дают отпор угрозе. Вскоре выясняется, что в цифровом мире началась эпидемия — многие Дигимоны заражены и становятся агрессивными. Дигимоны-партнёры возвращаются к своим избранным детям, чтобы вновь объединиться против общей опасности. Однако на этот раз героям предстоит не только сражаться с врагами, но и справляться с внутренними страхами, сомнениями и давлением общества. К тому же в городе появляется новый избранный ребёнок, что добавляет неожиданный поворот в их и без того непростую ситуацию.

Возвращение старых друзей-Дигимонов должно было стать радостным событием, но вместо этого герои оказываются на грани отчаяния. Они больше не дети, и мир требует от них взрослых решений. Пресса, общественное мнение и собственные страхи давят на них, заставляя сомневаться в своих силах. Смогут ли они преодолеть новые испытания и сохранить веру в себя и друг друга? Или на этот раз угроза окажется сильнее их?