Человечество оказалось на грани вымирания из-за вторжения загадочных существ — Гауна. В поисках спасения последние выжившие покинули Землю на огромном космическом корабле «Сидония». Несмотря на отвагу рыцарей-пилотов, сражающихся с пришельцами, враг постепенно берет верх. Нагатэ Таникадзэ, один из лучших защитников, понимает: без радикальных мер человечество обречено. Каждая битва уносит жизни, а новое оружие быстро теряет эффективность перед адаптивными способностями Гауна.

В отчаянной попытке переломить ход войны ученые создают нечто невероятное — гибрид человека и Гауна. Цумуги Сирауи, существо с телом пришельца и разумом человека, становится новым оружием в борьбе за выживание. Однако ее появление вызывает раскол среди экипажа: одни видят в ней надежду, другие — угрозу. Тем временем «Сидония» продолжает свой опасный путь через космос, где на каждом шагу подстерегают новые испытания и неожиданные враги.

Судьба человечества висит на волоске, и лишь объединение всех сил может дать шанс на спасение. Цумуги, Нагатэ и другие пилоты вынуждены сражаться не только с Гауна, но и с внутренними конфликтами. Впереди — неизведанные миры, новые угрозы и, возможно, надежда на обретение нового дома. Но смогут ли они преодолеть все препятствия, или же человечество окончательно падет перед безжалостными пришельцами?