Спустя семь месяцев после завершения Одногодичной войны бывшее Герцогство Зион реорганизовалось в Республику Зион, продолжив сопротивление. Пилот Дэрил Лоренц, управлявший экспериментальным мобильным доспехом «Психо-Заку», участвовал в финальных сражениях в секторе «Удар молнии», где был уничтожен флот Мурского Братства. После потери своего боевого юнита Дэрил получает задание отправиться на Землю для сбора разведданных о Альянсе Южных морей — военном подразделении в составе Земной Федерации.

Параллельно с этим Ио Флеминг, который ранее противостоял Дэрилу в бою, получает доступ к экспериментальному мобильному доспеху «Атлас Гандам». Этот прототип, обладающий уникальными характеристиками, становится ключевым элементом в стратегии Федерации. Ио также направляют на Землю, где его пути неизбежно пересекутся с Дэрилом, создавая почву для нового противостояния между бывшими противниками.

На фоне политических интриг и военных конфликтов оба персонажа оказываются втянуты в сложную сеть событий. Дэрил, движимый местью и долгом, и Ио, стремящийся доказать свою ценность, сталкиваются не только друг с другом, но и с новыми угрозами. Их противостояние перерастает в нечто большее, затрагивая судьбы целых фракций и раскрывая скрытые аспекты послевоенного мира.