Всего несколько недель прошло после победы над [character=129793]Кэрол[/character], но Хибики [立花 響] уже втянута в новую битву. На этот раз её противник — не зловещий враг, а куда более коварный и беспощадный: летние домашние задания. Казалось бы, обычная школьная рутина, но времени катастрофически не хватает. И как назло, именно в этот момент мир снова оказывается под угрозой, заставляя героиню отложить учебники и вновь взяться за оружие.

Тем временем Цубаса [風鳴 翼] и Мария [マリア･カデンツァヴナ･イブ] расследуют загадочный Александрийский инцидент. Их поиски приводят к столкновению с Баварскими Иллюминатами — таинственной организацией, стоявшей за действиями [character=129793]Кэрол[/character] и катастрофой Фронтира. Преследуя их, девушки оказываются в Вальверде, разрушенной войной южноамериканской республике, где их ждёт нечто пугающее и неожиданное.

В этом хаосе носители «Мехасимфоний» сталкиваются с силой, превосходящей все их ожидания. То, что они обнаруживают, способно бросить вызов даже самому Богу. Теперь им предстоит не просто сражаться за мир, но и переосмыслить границы возможного. Смогут ли они противостоять этой угрозе, или новая опасность окажется сильнее всего, с чем они сталкивались прежде?