Прошло три года с момента триумфального возвращения легендарного космического крейсера «Ямато» из экспедиции на планету Искандер. За это время человечеству удалось не только восстановить Землю с помощью технологии Космореверс, но и заключить хрупкий мир с империей Гамилус. Однако вместо долгожданного периода спокойствия, земляне под предводительством военного командования начали масштабное перевооружение, создав мощный флот во главе с флагманом «Андромеда». Капитан Старша, герой предыдущей миссии, безуспешно пытается остановить эту гонку вооружений.

Несмотря на все усилия экипажа «Ямато», достигнутый мир оказывается иллюзорным – слишком много жертв принесено на алтарь этой хрупкой стабильности. В этот критический момент загадочная богиня Тереза, хранительница космического равновесия, вновь обращается к команде корабля. Её пророчество предупреждает о новой, куда более страшной угрозе – империи Гатлантис, чья экспансия угрожает не только Земле, но и всей известной вселенной. Теперь «Ямато» предстоит отправиться в ещё более опасное путешествие.

На фоне нарастающего хаоса и политических интриг Земного правительства, экипаж «Ямато» оказывается перед сложным выбором. С одной стороны – приказ командования, с другой – зов Терезы и судьба всего живого. Гатлантис, обладающий технологиями, превосходящими даже могущество Гамилуса, стремительно приближается к Солнечной системе. В этой отчаянной гонке со временем только «Ямато», объединив опыт прошлых битв и волю к победе, может стать последней надеждой человечества. Но какой ценой?