Человечество вновь оказалось на грани катастрофы. Главный герой Харуо Сакаки, переживший невероятное спасение, теперь колеблется в выборе дальнейших действий. В это время близкие ему персонажи — Маина и Миана — выражают серьёзные опасения по поводу Метфиса. Этот загадочный лидер, поражённый чудесным выживанием Харуо, начинает собирать вокруг себя последователей, проповедуя им о некой «конечной цели» происходящего. Его слова звучат как пророчество, но что скрывается за ними — истина или обман?

Ситуация усугубляется тем, что у людей больше нет ресурсов для борьбы с Годзиллой. Оставшиеся в живых вынуждены лишь наблюдать, как на Землю опускается новое чудовище — Король Гидора, испускающий ослепительное золотое сияние. Его появление знаменует переход войны на новый, ещё более разрушительный уровень. Планета содрогается под натиском этих титанов, а человечество оказывается бессильным перед их мощью. Остаётся лишь один вопрос: есть ли у людей хоть малейший шанс на спасение?

Всё больше загадок окружает природу Годзиллы. Кто он на самом деле — бездушный разрушитель или часть чего-то большего? Харуо, оказавшийся в эпицентре событий, отчаянно ищет ответы, но каждый новый шаг лишь запутывает его сильнее. Сможет ли он разгадать тайну этих существ и увидеть будущее своими глазами? Или человечество обречено исчезнуть, став лишь страницей в истории планеты, которую теперь правят монстры?