После двадцати тысяч лет космического изгнания Харуо Сакаки и последние представители человечества возвращаются на Землю, но их ждёт шокирующее открытие. Планета, некогда бывшая их домом, теперь полностью изменилась — она превратилась в мир, где царит Годзилла, гигантский монстр высотой 300 метров, подчинивший себе всю экосистему. Люди оказываются на грани вымирания, вынужденные сражаться за каждый день существования в этом новом, враждебном мире.

В поисках способа победить Годзиллу Харуо сталкивается с племенем Хутуа, потомками коренных жителей Земли. Среди них — загадочные близнецы Маина и Миана, которые ведут его к древнему артефакту: останкам Меха-Годзиллы, оружия, созданного для борьбы с чудовищем. Однако за прошедшие тысячелетия нанометалл, из которого он был создан, эволюционировал, породив целый город, способный противостоять угрозе. Теперь Харуо предстоит раскрыть его тайны и использовать эту силу во благо человечества.

Судьба цивилизации висит на волоске, и только объединив усилия с Хутуа, Харуо сможет вернуть Землю людям. Но сможет ли он победить Годзиллу, ставшего не просто монстром, а воплощением самой планеты? Впереди его ждёт не только битва за выживание, но и выбор, который определит будущее всего человечества. В этом мире, где природа и технологии слились воедино, решающая схватка уже близка.