Спин-офф культового «Научного Рейлгана» переносит зрителей в мир Академии-Сити, где главным героем становится легендарный эспер пятого уровня — Акселератор. После тяжёлого ранения, полученного во время спасения «Последнего заказа», он пытается восстановить силы, но покой ему только снится. Вскоре судьба сталкивает его с загадочной девушкой, Эстель Розенталь, в руках которой оказывается фотография клона Мисаки — и это лишь начало новых испытаний.

Однако настоящая угроза раскрывается, когда выясняется, что за похищением Эстель стоит таинственная организация «Дисциплинарное Наказание». Эти фанатики считают эсперов воплощением зла и готовы на всё, чтобы стереть их с лица земли. Их оружие — оживлённые трупы магов, заключённые в механические костюмы, превращённые в безжалостных убийц. Теперь, когда ДН начинает масштабную операцию, судьба Академии-Сити висит на волоске.

Акселератор, несмотря на ослабленные способности и нежелание быть героем, вынужден вступить в схватку. Ему предстоит не только защитить Эстель, но и остановить кровавую бойню, которую затеяли «Дисциплинарное Наказание». В этом противостоянии он снова докажет, что даже ослабленный, он остаётся одним из сильнейших эсперов в мире. Готов ли он принять свою роль спасителя, или предпочтёт идти по пути разрушения?