В этом спин-оффе культового «Научного Рейлгана» внимание сосредоточено на одном из самых могущественных эсперов Академии-Сити — Акселераторе. После тяжёлого ранения, полученного во время спасения «Последнего заказа», он пытается восстановить силы, но покой ему только снится. Вскоре герою предстоит столкнуться с новой угрозой: таинственной девушкой, связанной с клонами Мисаки, и организацией «Дисциплинарное Наказание», которая объявила войну всем эсперам.

«Дисциплинарное Наказание» — фанатичная группировка, считающая эсперов исчадиями зла и использующая жуткую технологию: они воскрешают погибших магов, помещая их сознание в боевые механизированные костюмы. Их цель — полное уничтожение Академии-Сити, и остановить их может лишь тот, кто когда-то сам был символом абсолютной силы. Однако Акселератор, несмотря на своё прошлое, вовсе не стремится быть героем, но судьба вновь бросает его в самое пекло.

Сюжет разворачивается динамично, сочетая жёсткие боевые сцены с глубокой психологической проработкой персонажей. Акселератору предстоит не только сражаться с новыми врагами, но и переосмыслить свою роль в этом мире. Сможет ли он, даже ослабленный, противостоять «Дисциплинарному Наказанию»? И что скрывает загадочная Эстель Розенталь? Ответы ждут зрителей в этом напряжённом и захватывающем продолжении вселенной «Научного Рейлгана».