В недалёком будущем человечество оказалось на грани неопределённости. Технологический прогресс открывает новые горизонты, но вместе с тем несёт скрытые угрозы. Всё изменилось после катастрофы под названием "Скайфолл", когда на Землю обрушилась разрушенная орбитальная колония. На месте падения образовался гигантский кратер, ставший домом для мутировавших существ - кайдзю. Их происхождение остаётся загадкой, но одно ясно: эти создания представляют смертельную опасность для людей.

Главный герой Рэй, выполняющий роль аватара, отправляется в зону катастрофы, чтобы собрать уцелевшие семена. Он не подозревает, какие опасности его ждут. В глубинах кратера он встречает загадочную девочку по имени Мил. Кто она - последний выживший человек или нечто большее? Вместе им предстоит разгадать тайну крушения колонии и странных мутаций. Но чем дальше они продвигаются, тем больше вопросов возникает.

Постепенно Рэй узнаёт шокирующую правду о произошедшем. Оказывается, катастрофа была не случайностью, а частью чего-то гораздо более масштабного. Мил хранит секреты, которые могут изменить судьбу всего человечества. Теперь аватару предстоит не просто выжить, но и сделать выбор, от которого зависит будущее планеты. Кто друг, а кто враг? И что скрывает в себе этот проклятый кратер?