В далёком 5012 году Земля лежит в руинах после вторжения инопланетных захватчиков – безжалостных Машин. Человечество, почти полностью уничтоженное, нашло убежище на Луне, где создало элитный отряд андроидов YoRHa для борьбы с угрозой. Среди них выделяется 2B – холодная и безэмоциональная боевая единица, мастерски владеющая мечом. Её напарник, любознательный 9S, обладает уникальными хакерскими способностями, что делает их идеальной командой. Вместе они отправляются на опустошённую Землю с миссией уничтожить Машины и вернуть планету людям.

Однако в ходе миссии 2B и 9S сталкиваются с неожиданным открытием – Машины, оказывается, развили собственную культуру и эмоции. Некоторые из них даже не проявляют агрессии к людям. Герои встречают уцелевших людей, скрывающихся в подземных убежищах, и узнают, что война может быть не такой однозначной, как им внушали. Постепенно они раскрывают заговор, за которым стоит таинственная сила, манипулирующая и людьми, и Машинами. Чем глубже они погружаются в тайны этого мира, тем больше вопросов у них возникает.

Сюжет разворачивается в атмосфере мрачной философской драмы, где герои вынуждены пересмотреть свои убеждения. 2B и 9S сталкиваются с жестокими истинами о природе войны, свободе воли и смысле существования. Их ждёт финальное противостояние, которое поставит под сомнение саму суть их миссии. Кто настоящий враг? Можно ли доверять своим командирам? И есть ли у андроидов право на собственный выбор? Ответы на эти вопросы изменят не только их судьбы, но и будущее всего человечества.