В 2199 году человечество столкнулось с беспрецедентной угрозой – могущественная империя Гамилус под предводительством Лорда Деслера начала массированную атаку на Землю. Используя радиоактивные астероиды в качестве оружия, захватчики превратили поверхность планеты в непригодную для жизни пустошь. Людям пришлось укрыться в подземных городах, но даже там смертоносная радиация продолжала своё разрушительное воздействие, ставя под вопрос само существование человеческой цивилизации.

Судьбоносный перелом наступил, когда на Марсе потерпел крушение таинственный космический корабль. Среди обломков Сусуму Кодай и Дайсукэ Сима обнаружили тело погибшей девушки с посланием от королевы Искандера. В сообщении содержалось предложение помощи – на далёкой планете находилось устройство, способное очистить Землю от радиации. Вместе с чертежами сверхмощного двигателя это давало человечеству последний шанс на спасение.

Используя древний линкор "Ямато", некогда затонувший во время Второй мировой войны, земляне создали уникальный космический корабль. Под командованием капитана Дзюдзо Окиты экипаж отправился в опасное путешествие к Искандеру. На выполнение миссии было отведено всего 365 дней – если команда не успеет вернуться вовремя, человечество обречено на гибель. Так началась легендарная одиссея "Ямато", полная смертельных опасностей и невероятных открытий.