В этом аниме зритель переносится в альтернативную Японию, где причудливо переплелись эпохи: феодальные традиции самураев соседствуют с индустриальными технологиями паровых машин. Однако этот мир находится под постоянной угрозой - несколько лет назад человечество столкнулось со страшной эпидемией. Загадочный вирус превращает людей в кровожадных существ, известных как "кабанэ". Эти живые мертвецы практически неуязвимы - их можно уничтожить, лишь разрушив защищённое броней сердце.

Людям пришлось укрыться в специальных укреплённых станциях, а для безопасного перемещения между ними используются бронированные поезда. Главный герой - талантливый механик Икома, живущий в городе-крепости Араганэ. После потери близких он посвятил жизнь созданию оружия против кабанэ. Судьба предоставляет ему шанс испытать своё изобретение, когда в город врывается заражённый поезд. В ходе битвы Икома сам становится жертвой кабанэ, но удивительным образом сохраняет человеческий разум, превратившись в кабанери - гибрида человека и монстра. Теперь, обладая сверхчеловеческой силой, он вместе с другими выжившими отправляется на легендарном бронепоезде "Железная крепость" к последнему оплоту человечества - городу Конгокаку.