Прошло три года после завершения кровопролитной войны между джовианцами и землянами. Акито и Юрика, герои тех событий, считаются погибшими в загадочной катастрофе шаттла. Тем временем Рури Хосино, некогда юная оператор Надэсико, теперь сама возглавляет легендарный корабль. Мир, казалось бы, вступил в эпоху относительного спокойствия, но новые угрозы уже на горизонте.

Человечество добилось прорыва в технологии бозоновых прыжков, что позволило начать амбициозный «План Хисаго» — создание межпланетной сети порталов. Однако эта система попадает в руки террористической группировки «Наследники Марса», возглавляемой бывшим джовианским офицером. Их цель — переписать итоги войны, и теперь судьба галактики снова висит на волоске.

Чтобы предотвратить катастрофу, старый экипаж Надэсико собирается вновь. Им предстоит опасная миссия, в ходе которой они столкнутся не только с врагами, но и с неожиданными союзниками. Смогут ли они остановить террористов и спасти хрупкий мир? Или история повторится, но уже с куда более трагичными последствиями?