Накануне [[Реставрации Мэйдзи]] мастер меча Сэйдзюро Хико [比古 清十郎], живущий в уединении, становится свидетелем жестокой расправы бандитов над караваном работорговцев. Вмешавшись в бойню, он уничтожает нападающих, но спасти удаётся лишь одному ребёнку. Оставив мальчика с советом идти в ближайшую деревню, Хико удаляется, не ожидая новой встречи.

Спустя несколько дней мастер возвращается, чтобы убедиться в судьбе спасённого, и обнаруживает мальчика, который похоронил всех погибших — и рабов, и бандитов, и торговцев. Поражённый его стойкостью и состраданием, Хико решает взять ребёнка под свою опеку. Он даёт ему новое имя — Кэнсин [緋村 剣心], что означает «сердце меча», и открывает перед ним путь воина.

Так начинается обучение Кэнсина под руководством последнего мастера стиля Хитэн Мицуруги. Вдали от мирской суеты, среди гор и лесов, мальчик постигает не только искусство владения клинком, но и философию, скрытую за каждым ударом. Его судьба, переплетённая с судьбой учителя, ведёт его к великому предназначению, которое изменит ход истории Японии.