В центре сюжета аниме – грандиозное спортивное событие в Токио, на фоне которого должна состояться презентация революционного транспорта – сверхскоростного поезда, движущегося по вакуумному тоннелю. В то время как весь мир с нетерпением ждёт этого технологического прорыва, в столице проходит торжественный ужин для инвесторов проекта. Однако праздничная атмосфера внезапно омрачается чередой загадочных исчезновений: один за другим пропадают ключевые фигуры крупных корпораций, участвовавших в разработке.

На первый взгляд, эти исчезновения кажутся необъяснимыми, но юный гений-детектив Конан берётся за расследование. В ходе поисков он обнаруживает тревожную связь между текущими событиями и серией похищений, произошедших 15 лет назад во время аналогичного спортивного праздника в США. Постепенно раскрывая детали, Конан понимает, что за всем стоит чей-то тщательно продуманный план. Но кто стоит за этими преступлениями и как они связаны с исчезновением самого поезда?

Сюжет держит в напряжении, заставляя зрителей следить за каждым шагом Конана, который должен не только раскрыть тайну пропажи людей, но и предотвратить катастрофу. Сможет ли он разгадать все загадки до того, как сверхскоростной поезд окажется в руках преступников? Аниме сочетает в себе элементы детектива, научной фантастики и динамичного триллера, предлагая зрителю увлекательное расследование с неожиданными поворотами.