Сатoши и его верные друзья отправляются в загадочный регион Ларусс, где их ждёт неожиданная встреча. Там они знакомятся с мальчиком по имени Тоои Лонд, чья жизнь изменилась четыре года назад после страшного происшествия. Из-за пережитой психологической травмы он панически боится покемонов, что создаёт немало трудностей в их путешествии. Однако вскоре героям становится не до личных проблем — над Хоэнном нависает новая угроза.

Деоксис, легендарный покемон из космоса, полностью восстановился после прошлого сражения и теперь жаждет мести. Он создаёт мощный энергетический барьер вокруг города, отрезая жителей от внешнего мира, а затем начинает похищать людей. Никто не понимает его истинных мотивов, но ясно одно — если его не остановить, последствия будут катастрофическими. В этот критический момент на помощь приходит ещё один загадочный покемон — Рейкваза, обитающий в озоновом слое Земли.

Рейкваза спускается с небес, чтобы дать отпор Деоксису и спасти Хоэнн от неминуемой гибели. Сатоши и его друзья оказываются в эпицентре битвы двух легендарных существ, от исхода которой зависит судьба всего региона. Смогут ли они помочь Тоои преодолеть свой страх и объединиться с покемонами? Удастся ли Рейквазе победить Деоксиса и разрушить барьер? Ответы на эти вопросы зрители узнают в этом захватывающем приключении, полном драматических поворотов и невероятных сражений.