В центре сюжета аниме – история пяти юных баскетболистов, известных как "Поколение Чудес". Эти игроки доминировали на всех школьных турнирах, хотя ещё не были старшеклассниками. Однако после поступления в старшую школу команда распалась – каждый из них выбрал разные учебные заведения. Теперь баскетбольный клуб средней школы Сэйрин, куда попадает тихий и незаметный Куроко Тецуя, отчаянно нуждается в сильных игроках. Никто и не подозревает, что этот скромный парень скрывает невероятную тайну.

Оказывается, Куроко был "Шестым Тенем" той самой легендарной пятёрки. Из-за своей незаметной манеры игры он всегда оставался в тени, но его уникальные навыки передачи мяча делали его незаменимым. В Сэйрин он знакомится с Кагами Тацуей – амбициозным игроком, мечтающим стать лучшим в Японии. Вместе они решают возродить былую славу школьного клуба, но Куроко настаивает на своей роли "невидимого ассистента". Однако их планы рушатся, когда выясняется, что им предстоит сразиться с бывшими товарищами Куроко.

Теперь главным героям предстоит не просто победить "Поколение Чудес", но и преодолеть прошлое Куроко. Каждый из бывших партнёров обладает уникальным стилем игры, а их нынешние команды стали сильнее, чем когда-либо. Куроко и Кагами должны научиться доверять друг другу, чтобы бросить вызов сильнейшим игрокам Японии. Но сможет ли "Шестой Тень" снова стать частью команды, или его роль навсегда останется в тени?