За два десятилетия до событий аниме гигантский астероид Танатос, угрожавший уничтожить Землю, столкнулся с Плутоном, что временно остановило его движение. Однако угроза не исчезла, и человечество создало организацию МАИСС (Международное агентство изучения солнечной системы) для борьбы с надвигающейся катастрофой. В рамках проекта «Д» учёные обнаружили в океанских глубинах загадочное яйцо дракона, ставшее основой для создания мощного оружия — «Драгонавта». Его миссия — уничтожить Танатос, но вскоре выясняется, что астероид — лишь первая из многих опасностей.

В разгар этих событий обычный подросток Дзин Камисина случайно становится свидетелем жестокого убийства, совершённого таинственным существом. Когда он сам оказывается на волосок от гибели, его спасает загадочная девушка по имени Тоа, обладающая невероятными способностями. Встреча с ней полностью меняет жизнь Дзина, втягивая его в водоворот событий, связанных с вторжением неизвестных существ. Теперь ему предстоит не только разгадать тайну Тоа, но и помочь человечеству выжить перед лицом новой угрозы.

По мере развития сюжета Дзин и Тоа сталкиваются с множеством испытаний, раскрывая тёмные секреты проекта «Д» и истинную природу астероида Танатос. В мире, где граница между друзьями и врагами стирается, им предстоит сделать сложный выбор. Смогут ли они предотвратить катастрофу, или Землю ждёт неминуемая гибель? Аниме сочетает динамичные боевые сцены, глубокую психологическую драму и элементы научной фантастики, создавая захватывающую историю о борьбе за будущее человечества.