Наруто Узумаки получает ответственное задание — выследить и захватить опасного преступника по имени Мукадэ, скрывающегося среди руин долины Оран. В ходе схватки с беглецом происходит неожиданное: Наруто переносится на двадцать лет в прошлое! Оказавшись в эпохе, где ещё живы многие знакомые ему герои, он сталкивается с самим Четвёртым Хокагэ — Минато Намикадзе, своим отцом. Теперь им предстоит объединить усилия, чтобы вернуть Наруто в его время и предотвратить возможные временные парадоксы.

Путешествие в прошлое открывает перед Наруто удивительные возможности — он может увидеть события, о которых раньше лишь слышал. Однако вместе с этим приходят и новые опасности: любое его действие способно изменить будущее. Минато, ещё не знающий, что Наруто — его сын, относится к нему с подозрением, но вскоре понимает, что этот странный шиноби не враг. Вместе они отправляются в рискованное путешествие, чтобы найти способ вернуть Наруто обратно, избегая при этом встреч с теми, кто может узнать правду.

Сюжет аниме сочетает в себе динамичные сражения, трогательные моменты и элементы научной фантастики. Наруто получает шанс не только лучше узнать своего отца, но и переосмыслить собственное прошлое. Тем временем в настоящем его друзья пытаются разгадать тайну исчезновения Наруто, подозревая, что за этим стоит нечто большее, чем просто побег Мукадэ. История балансирует между драмой и экшеном, предлагая зрителям не только зрелищные битвы, но и глубокие эмоциональные переживания.