Декабрь в самом разгаре, и неугомонная лидер бригады [[SOS]] Судзумия Харухи решает устроить рождественский ужин прямо в клубной комнате. Все члены её эксцентричного отряда с энтузиазмом берутся за подготовку праздника. Однако вскоре Кён замечает нечто странное: его одноклассник Танигути, с которым он вчера обсуждал планы, сегодня не помнит этого разговора и утверждает, что болел. В классе нет и следа Харухи, а на её месте сидит... Рёко Асакура, которая должна была исчезнуть ещё в прошлом году.

Мир вокруг Кёна стремительно меняется. Микуру Асахина, обычно стеснительная и добрая, смотрит на него как на незнакомца. Даже Нагато, всегда молчаливая и всезнающая, теперь — обычная застенчивая девушка, единственный член литературного клуба. Бригады SOS будто никогда не существовало, а Харухи никто не помнит. Кён остаётся один в чужой реальности, где всё, что он знал, оказалось иллюзией. Что случилось? Почему только он помнит прошлое? И как вернуть всё на свои места?

Пытаясь разобраться в происходящем, Кён обращается к Нагато, но та лишь пожимает плечами — она больше не обладает сверхъестественными способностями. Асакура ведёт себя как обычная школьница, а Микуру даже не подозревает о существовании организации, защищающей временной континуум. Кён понимает: чтобы восстановить реальность, ему придётся разгадать загадку исчезновения Харухи и выяснить, кто или что стёрло её из памяти всех вокруг. Но сможет ли он сделать это в одиночку?