На живописном острове Южного Креста, утопающем в зелени тропических лесов, разворачивается необычная история. Юноша по имени Такуто Цунаси оказывается на берегу без памяти и вещей, словно выброшенный самой судьбой. Поступив в местную школу, он быстро находит общий язык с новыми друзьями — жизнерадостной Вако Агэмаки и загадочным Сугатой Синдо. Однако вскоре Такуто предстоит узнать, что школа хранит куда более мрачные тайны, чем кажется на первый взгляд.

Под зданием учебного заведения скрываются двадцать древних механических гигантов — Кибоди. Эти загадочные существа пробуждаются лишь в Нулевом Времени, параллельном измерении, доступном лишь избранным. Такуто неожиданно обнаруживает, что способен управлять одним из них, но это делает его мишенью для таинственной организации «Мерцающий Звёздный Крест». Их цель — разрушить древние печати, сдерживающие силу Кибоди, и выпустить их в реальный мир.

Теперь Такуто и его друзьям предстоит не только разгадать тайну Кибоди, но и защитить четырёх священных дев, чьи силы удерживают механических гигантов в подчинении. С каждым днём угроза становится всё серьёзнее, а граница между реальностью и Нулевым Временем истончается. Смогут ли они остановить «Мерцающий Звёздный Крест» до того, как мир погрузится в хаос?