История повествует о Макото Юками, обычном старшекласснике, чья страсть к горячим источникам приводит его в гостиницу «Мияма-кан». Это заведение управляется четырьмя очаровательными девушками: Токура, Акино, Цуцудзи и Митомо, каждая из которых обладает яркой индивидуальностью. Однако судьба готовит Макото неожиданный поворот — во время своего сотого визита он встречает Юри, таинственную богиню источников, которая передаёт ему свои божественные полномочия. Теперь юноше предстоит освоить новые обязанности, балансируя между учёбой и сверхъестественной миссией.

Жизнь Макото кардинально меняется: он оказывается втянут в мир духов и мистики, где горячие источники — не просто места отдыха, а ключевые точки энергетических потоков. Юри, ставшая его наставницей, объясняет, что теперь он должен поддерживать гармонию между людьми и духами, посещающими «Мияма-кан». В этом ему помогают хозяйки гостиницы, каждая из которых по-своему влияет на его новую роль. От весёлых и нелепых ситуаций до серьёзных испытаний — Макото предстоит пройти долгий путь, чтобы оправдать доверие богини.

Аниме сочетает лёгкий юмор, романтические намёки и элементы фэнтези, создавая увлекательный сюжет о взрослении и ответственности. Макото, изначально простой любитель онсэнов, постепенно раскрывается как личность, учась справляться с неожиданными вызовами. Отношения с девушками добавляют истории теплоты и динамики, а мистическая составляющая держит зрителя в напряжении. «Юри — богиня источников» — это история о том, как обычный парень оказывается в центре событий, где магия переплетается с повседневностью, а горячие источники становятся вратами в новый, удивительный мир.