Прошло полгода после эпичной дуэли с Фараоном, и жизнь главных героев постепенно возвращается в привычное русло. Юги Муто и его верные друзья теперь третьеклассники старшей школы, всерьёз задумывающиеся о своём будущем. Однако спокойствию приходит конец, когда Сэто Кайба, одержимый идеей воскрешения древнего правителя, начинает собирать заново легендарную Головоломку тысячелетия. Его планам мешает таинственный незнакомец Аигами, чьи истинные мотивы остаются загадкой.

Параллельно гениальный изобретатель Кайба работает над революционной системой виртуальных дуэлей, способной изменить индустрию "Дуэльных монстров" навсегда. Эта технология обещает невероятный прорыв, но скрывает в себе неожиданные опасности. Тем временем Юги и его друзья оказываются втянутыми в новые загадочные события, связанные с древними артефактами. Им предстоит столкнуться с неведомыми ранее силами и раскрыть тайны, оставшиеся после ухода Фараона.

Сюжет разворачивается динамично, сочетая в себе элементы ностальгии по оригинальному сериалу и свежие сюжетные повороты. Зрителей ждут напряжённые дуэли, неожиданные союзы и возвращение старых врагов. Аниме сохраняет фирменный стиль "Югио!", но привносит современные визуальные решения и более глубокую проработку персонажей. История балансирует между школьной повседневностью и мистическими приключениями, предлагая фанатам франшизы долгожданное продолжение любимой саги.